La Junta Directiva es el órgano de gobierno del DIF Municipal y se integrará de la siguiente forma: Director General del DIF Municipal, El Secretario de Economía y Finanzas y Tesorero Municipal; el Auditor municipal de Fiscalización; el Director Administrativo del DIF Municipal; el Órgano Interno de Control del DIF Municipal; así como un representante designado por el Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Querétaro; y dos representantes de la sociedad civil.

Las facultades de la Junta Directiva son: aprobar los planes, programas y aplicación del presupuesto anual del DIF Municipal, así como sus modificaciones en términos de la legislación aplicable;

Aprobar la aceptación de herencias, legados, donaciones, usufructos, subsidios, concesiones, compensaciones y demás liberalidades que se otorguen por cualquier título legal al DIF Municipal.